Дирекция за счет субсидий из федерального бюджета на выполнение государственного задания осуществляет следующие основные виды деятельности:

Техническое обеспечение контрольно-надзорных мероприятий
Государственное задание
Исследования
Проведение лабораторных исследований, измерений и испытаний в рамках обеспечения государственного контроля и надзора в сфере природопользования и охраны окружающей среды, в том числе государственного экологического надзора
Экспертное сопровождение
Экспертное сопровождение в рамках обеспечения государственного контроля и надзора в сфере природопользования и охраны окружающей среды, в том числе государственного экологического надзора
Транспортное обеспечение
Транспортное обеспечение государственного контроля и надзора в сфере природопользования и охраны окружающей среды, в том числе государственного экологического надзора на море